Investigación

La biología computacional es un área vital para el análisis de la información y dentro de ésta, la Bioinformática es una técnica que permite manejar datos ómicos, es decir, Genómicos, Transcriptómicos, Proteómicos, Metabolómicos, Metilación, etc. Particularmente, para el Humano, ya se dispone de múltiples proyectos de secuenciación, por ejemplo, el Proyecto de los 1000 Genomas, Microbioma humano, Genoma del Denisova, Genoma del Neardental, Genoma Humano Completo, Bases de Datos Clínicas, etc.

Otra área que presenta una gran oportunidad es la Inteligencia Artificial, particularmente, Deep Learning, el cual se usa para múltiples tareas, siendo la detección de imágenes la que más aplicaciones tiene. Debido a la importancia agrícola de la región y también a varios problemas de salud que se presentan en esta, en el laboratorio, nos enfocamos al análisis de imágenes digitales, espectrales y satelitales, para aplicaciones agropecuarias. Bajo este mismo tenor, también nos enfocamos en proyectos para el manejo del expediente clínico electrónico para determinar factores de riesgo de enfermedades de la población.

En lo que respecta a las enfermedades humanas, identificamos biomarcadores asociados a patologías y diseñamos e implementamos plataformas de diagnóstico temprano para detectar oportunamente enfermedades. Para esto, tenemos colaboraciones con hospitales y centros de atención de la región, permitiéndonos abordar problemas locales.

Agricultura de Precisión

Identificación de fitopatógenos en hojas y frutos mediante imágenes de celular. Análisis de imágenes satelitales para cambio en la cobertura vegetal, estrés hídrico y uso del suelo.

Genómica Humana y Clínica

Estudios de Genómica evolutiva de biomarcadores asociados a enfermedades en población mexicana. Desarrollo e implementación de plataformas de diagnóstico temprano de enfermedades crónico-degenerativas.

Microbioma Bacteriano y Viral

Caracterización del microbioma intestinal de niños mexicanos diagnosticados con el Trastorno del Espectro Autista. Efecto de diferentes dietas en el microbioma intestinal de niños mexicanos.

Detección de imágenes por Deep Learning

Detección de enfermedades mediante radiografías, resonancias e imágenes digitales en humanos.

Servicios

El laboratorio brinda servicios a instituciones, empresas, asociaciones civiles y a la comunidad. Todos nuestros servicios están empoderados por el IPN y son realizados con la máxima calidad y compromiso. Además, contamos con un equipo multidisciplinario que garantiza el éxito.

Implementación de Pipeline en servidores


Scripts ad-hoc empoderados por python, perl, matlab y R para análisis específicos. Instalación de Suites de análisis en sistemas, Unix, Linux y Windows.

Análisis de datos Ómicos


A la fecha, los costos de secuenciación están a la baja, lo que permite secuenciar un genoma humano con $ 1000 dlls. Esto abre la puerta para la realización de proyectos de Genómicos, Transcriptómicos, Proteómicos, Metabolómicos y Metilación. Nuestros análisis son específicos para cada experimento.

Instalación de Servidores Científicos


Configuración e instalación de software científico libre, siempre respaldados por artículos científicos. Plataformas Debian, Centos (Rocky Linux), Ubuntu, Redhat, etc.

Diseño e Implementación de Plataformas de Genotipificación Clínica


Elección de biomarcadores por Genómica comparativa y Evolutiva para diseños de carnadas para target-seq bajo la plataforma Illumina. Selección y protocolos para toma de muestra y pipelines de análisis para resultados amigables.

Asesoramiento Experimentos de Secuenciación


Elección de plataforma de secuenciación para proyectos genómicos de plantas, humanos y bacterias. Cálculo de coberturas esperadas, ensambles de Novo y análisis de variabilidad. Mejoramiento genético de plantas y animales.

Cursos de programación y análisis


Manejo de sistema Unix y Linux. Cursos de Programación en Perl, Python y Bash. Análisis estadísticos en R y Matlab. Cursos de Bioinformática, Diseños experimentales y Metagenómica.

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LABORATORIO

El laboratorio de Biología computacional y Genómica Humana está dentro de las instalaciones del Laboratorio de Inocuidad Agroalimentaria y agrogenómica del IPN Unidad Sinaloa.

Go Inocuidad Agroalimentaria Sinaloa del IPN Unidad Sinaloa.

Equipos

A la fecha contamos con tres servidores Linux, disponibles para el almacenamiento de literatura científica (Repositorio Regional Hibrido) y Bases de datos. Están instaladas plataformas de análisis Genómicos, Genotipificación y Mejoramiento genético. También contamos con herramientas de Inteligencia Artificial instaladas.

Servidor Poloko. Cuenta 16 gigas ram, 20 hilos de procesador y 2 Tb de espacio que se aumentará.

Servidor Coyotl. Cuenta con 148 gigas ram, tarjeta gráfica nvidia Quadro y 2 Tb de espacio que se aumentará.

Servidor Citli. Cuenta con 197 gigas ram, 88 hilos de procesador y 8 Tb de espacio.

Investigadores

El laboratorio cuenta con investigadores y alumnos con experiencia en las áreas biológicas, ing. en sistemas y biomédicas. Siempre se fomenta el trabajo multidisciplinario en equipo con cordialidad y respeto.

José Luis Acosta Rodríguez ph.D.

Responsable & Profesor Titular C. T.C.

Desde finales del 2015 el Dr. Acosta se incorporó al Instituto Politécnico Nacional. Tutor de alumnos de Maestría y Doctorado

EDUCACION

31/08/2015; POSDOCTORADO, INCMNSZ y IIB-UNAM, Genómica de tumores de mama triple negativos.

31/05/2013; POSDOCTORADO, INMEGEN, Identificación de ARNs largos no codificantes en esferoides tumorales de cáncer de mama y su asociación con la resistencia a antineoplásicos.

27/03/2012; DOCTORADO, CCG-UNAM. Impacto de la recombinación homóloga en genomas de R. etli.

16/08/2005; BIÓLOGO, FES-ZARAGOZA-UNAM. Efecto del vph en células de cáncer de cervix, rova, vibo, siha y caski, ante la presencia de liposomas neutros y aniónicos vacíos.

Revisor editorial Cogent-oa https://www.cogentoa.com/

Revisor Conacyt de proyectos Finnova y Penta

Go Orcid Go LinkedIn Go researchgate

Proyectos Aplicados

Contamos con experiencia en la iniciativa privada e instituciones gubernamentales, siendo pioneros en implementación de plataformas y aplicaciones. Siempre con el respaldo del IPN e instituciones asociadas.

  • Plataforma de Genotipificación de 21 genes asociados a Cáncer de Mama
    UNAM-IIB, INCMNZ y GENYKA. S.A.
  • Genómica de tumores de mama triple negativos. Se implementó un diseño de 21 genes asociados a cáncer de mama bajo la plataforma Illumina target-seq. De acuerdo a las mutaciones deletereas presentes, se puede predecir el factor de riesgo a desarrollar Cáncer
  • Get It Now!
  • Diseño e implementación del Repositorio Híbrido Regional de Sinaloa
    IPN UNIDAD SINALOA
  • Financiado por Conacyt Convocatoria 2016. Repositorio de Tesis del área científica de instituciones públicas o privadas, para fomentar grupos de investigación con lineas afines de trabajo. Almacenamiento de Bases de Datos científicas
  • Get It Now!
  • Identificación de fitopatógenos en hojas y frutos mediante Deep Learning
    IPN UNIDAD SINALOA
    • A partir de imágenes digitales tomadas con un celular, es posible identificar al fitopatógeno con una confiabilidad mayor al 95%. Estos análisis son posibles gracias a la Inteligencia Artificial, particularmente Deep Learning. A la fecha contamos con el desarrollo para detectar Leprosis de los cítricos (Citrus leprosis virus C) en Naranja (Citrus sinensis). Próximamente añadiremos nuevos cultivos y fitopatógenos.
  • Get It Now!

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Alumnos interesados en realizar tesis de Licenciatura y Posgrado, favor de comunicarse.


Empresas, agricultores e instituciones que requieran servicios, el IPN facturará el trabajo. ¡¡¡También tenemos disponibles, convenios institucionales que pueden ser pagados con donaciones que son deducibles de impuestos!!!

Información de Contacto

IPN Unidad Sinaloa
Bulevar Juan de Dios Bátiz Paredes #250, Col. San Joachin
Guasave, Sinaloa, Mexico.
CP 81049
Teléfono: 55 57 29 60 00 Ext. 87657
Correos: acostarojo@gmail.com ; jlacostar@ipn.mx